Elle sera réalisée entre 1855 et 1856 à côté du Palais de Justice avec son entrée sur la place Saint-Louis. La prison est reliée par un passage à la cour arrière du palais.
C'est une des premières prison à adopter le mode de détention cellulaire, en application du modèle idéologique de l'anglais Jeremy Bentham de 1791 : le "panopticon".
Désaffectée en 1956, la prison d'Autun fut vendue a un particulier. C'est en mars 2003 que le bâtiment devint la propriété de la ville d'Autun. Elle est classée à l'inventaire des Monuments historiques. A ce jour elle est rattachée au musée Rolin où a lieu de temps en temps des expositions. Seul le bas de la prison est visitable, et le haut est interdit au public pour cause de danger.
Elle était populairement appelée "tour de Bajole".